Pobunjeni duhovi, treća Džubranova knjiga objavljena na arapskom jeziku, sastoji se iz četiri priče: „Varda al-Hani“, „Krik grobova“, „Nevestina postelja“ i „Halil, nevernik“.

Prva je osuda prisilnih brakova; druga pripoveda o osobama nepravedno osuđenim na smrt (mladić koji u stanju legitimne odbrane ubija oficira, neverna žena i stari sluga); treća o dvoje mladih koji se vole ali postaju žrtve društvenih konvencija; i četvrta o iskušeniku, izbačenom iz manastira koga prihvataju jedna majka i njena ćerka. Ove priče su pisane u realističkom maniru i u njima Džubran izlaže kritici korupciju, hipokriziju i tradicionalne dogme libanskog društva sa stanovišta izvorne religije pravde i ljubavi, u kojoj je Bog dostupan jednako svim pojedincima, bez obzira na nacionalno i socijalno poreklo ili rang u hijerahiji moći.

Ova svojevrsna odbrana principa evanđeoskog hrišćanstava, nije naišla na dobar prijem ni kod vrha maronitske crkve u Libanu ni kod Visoke porte u Istanbulu. Vrh maronitske crkve zapretio mu je ekskomunikacijom. Kada ga je predstavnik patrijarha maronitske crkve zamolio da uništi Pobunjene duhove i odrekne se ideja koje u ovoj knjizi izlaže, Džubran mu je odgovorio: „Ne iznenađuje me to što ste mi rekli. Što se tiče mog odgovora, dozvolite mi da vam kažem da sam daleko od toga da se povučem i da ću uskoro završiti pisanje jedne nove knjige, Slomljenih krila. Nadam se da ćete je čitati i vi i njegova Preuzvišenost patrijarh i da će vas ona inspirisati da reformišete vašu crkvu. Videćete da sam u potpunom nesaglasju sa vama i da posle Pobunjenih duhova mogu da odem i dalje“.

Po objavljivanju ovog dela (1908.), Džubran se nastanio u Parizu i bio je pod snažnim uticajem arapskih intelektualaca koji su se zalagali za oslobađanje Sirije i Libana od otomanskog ropstva. Zbog takvog političkog angažovanja na njega je čak bio izvršen i jedan neuspeo atentat. Po svemu sudeći, njegova dela bila su ocenjena kao politički subverzivna. Iako je samo dvesta primeraka Pobunjenih duhova ušlo u Siriju 1910. godine, otomanske vlasti su naredile da se oni spale na javnom trgu u Bejrutu.