Fihteova, Šlajermaherova i Humboltova opsesija odbranom autonomije univerziteta stvorila je novi problem – naime sudbinsko vezivanje univerziteta za državu pokazalo se kao preveliko breme, bilo da je univerzitet imao da bude središte obnove nacije, bilo osnov jednog Kulturstaata.

Pritisnut zahtevima države za proizvođenjem profesionalne kompetencije u svetu koji je sve više insistirao na administrativnoj i privrednoj funkcionalnosti i efikasnosti, univerzitet se sve brže udaljavao od svojih modernih prosvetiteljsko-humanističkih okvira, odnosno od proklamovane emancipatorske uloge znanja. Međutim, on je jednako bio žrtvom visoko podignutog tona kojim je bio praćen govor filozofa nemačkog idealizma. Oni univerzitetu pripisuju istu onu totalizujuću moć izmirenja ideja i stvarnosti kakvu su najpre pripisali filozofiji. Začetnik ovog visokog govora, Imanuel Kant, stavlja filozofiju i Filozofski fakultet u središte univerziteta.

Međutim, univerzitet se vrlo brzo, već kod Fihtea, od sredstva institucionalizacije znanosti i mesta rođenja emancipovanog društva budućnosti pretvorio u mesto obrazovanja nacije. Shodno ideji o Kulturstaatu, Šlajermaher i Humbolt su, sa druge strane, zamišljali da sveukupan duhovni život nacije skoncentrišu na univerzitetu. Šeling je unutrašnju povezanost univerziteta sa stvarnim svetom, takođe, shvatio vrlo radikalno time što je individualni, obrazovni put ka apsolutu razumeo kroz jedinstvo istraživanja sa opštim procesom obrazovanja. Posledica svega toga bila je da je univerzitet kod njega postao "institucijom opšteg obrazovanja".

Tako je došlo do toga da se revolucionarna i, par excellence, moderna ideja univerziteta, vremenom "okameni" u projektu institucionalizacije znanosti, odnosno ideji zasnivanja nemačkog univerziteta. U tom bismo smislu mogli govoriti o tome da se ideja univerziteta otuđila od svojih subjekata, profesora i studenata, i da je vremenom pohranjena u instituciji, odnosno državi.

U tradiciji nemačkih mandarina ona je, zauzevši potpuno odbrambeni stav prema profesionalnoj praksi, sve više počela da se formuliše u potpunoj opreci prema činjenicama, čime se konačno degenerisala u ideologiju profesionalne klase obrazovanog građanstva. Ideja univerziteta se time pretvorila u ideologiju univerziteta.